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丛日云教授在中国政法大学开设了一门“西方文明通论”的通识课程，讲解西方文明的演进与特征，当然也少不了比照中国的历史进程。
对低年级的本科生们来讲，听他的课“受启发”和“毁三观”大概是同一个心理过程，有学生觉得“耳目一新”，有学生“脆弱的民族感情受了伤害”，有的还向学校打小报告。
“比如英法两个强盗烧了圆明园，之前清政府跟英法联军谈判破裂后，把英法代表团的39个人，包括记者、家眷抓到了北京，施以虐待或酷刑，其中20个人被弄死了，活下来的人身上长满蛆，有的疯掉了。这个情节绝大多数学生不知道。”
丛日云希望学生了解完整的历史，在史实准确的条件下判断和思考。“当然，英法侵略中国是不争的事实，即使有虐囚的事，仍然会痛恨英法，但至少能降点儿温。”只是，有的学生听不进去。“他的常识被颠覆，在感情上接受不了，何况还有许多理由支撑着原有的判断。”
丛日云讲授西方政治思想史将近30年，在八九十年代，他的授课也使一些学生难以接受，那时学生的障碍是意识形态，但近些年，民族主义情感成了学生认识西方文明的一道坎。
“我希望学生们接受一种健康的爱国主义，”丛日云说，“爱国是人类之爱的一种，应该将其安顿在爱他人、爱社区、爱民族、爱国家、爱人类乃至爱地球的序列当中。”“要爱国，但不能以对别人的盲目仇恨来表现。”
丛日云出身于辽宁凌源偏僻的乡村，小学四年级时学校就因为“文革”停课，他理解学生们思想上的困惑和困境。丛日云高中毕业后到大队里当了会计，被领导派到红极一时的大寨参观，他发现处处都是“被打扮的痕迹”。解放军不仅帮助修建水利工程，甚至用高射炮为他们驱雹；而大寨农民都像四类分子（“地富反坏”）一样，低眉顺眼，遇到参观者就惊慌地回避，眼神不与你交流，也不与陌生人说话。
但那时丛日云发现问题靠的是直觉和经验。“我的精神世界最初是由那个年代的宣传教育所塑造的，想跳出那个框架思考问题，必须借助于相应的思想资源，但在那种完全封闭的条件下，获得多元的信息是不可能的。”因为这个原因，丛日云多年来致力于通识教育，他主持的“西方文明通论”是全校每年两千多名本科生的必修课，在他看来，“通识教育能够打开信息流通的渠道，使学生获得多元的和平衡的信息，学会合乎逻辑地思考，并接受现代文明价值的熏陶。”
在2013年的本科生毕业典礼上，丛日云发表了一篇《人生多歧路，你将如何选择》的演讲，在网络上广泛传播。在演讲中他告诫毕业生们：“你们未来可能面对着社会的变革，你将如何选择？当你做出选择的时候，你是不是一个明白人？ 如果中国再来一次义和团或红卫兵运动，你能不能清醒地说不？ 我希望，你们在大潮袭来时，选择站在理性一边，站在文明一边……”
