在1368年,明军徐达奉朱元璋的命令,占领元大都以后,对北京城进行改造,到1421年,明成祖朱棣又对北京城进行了改造,东直门变成了东北角的一个重要的位置,这样交通位置更加重要。
当时建设北京所需的木材大多都是经由东直门运送进北京城的,清朝时南方的木材常常储存在东直门外,因此北京城所需的木材大多从东直门运进北京城,因此东直门又俗称“木门”。
清时于东直门外建水关,管理进京货物。清朝时在东直门设为“春场”,每至立春时顺天府尹于此鞭“春牛”“打春”。许多官仓也集中设在这里,缓缓流淌的坝河最后进入积水潭,另外一条的亚麻河通过东直门水关进入元大都,把粮食和货物都卸在崇文门地区。
东直门是当时北京9座城门中最贫的一个门,以郊外盆窑小贩,日用杂品占据瓮城为主,但瓮城庙中的药王雕像极为精细,市人称“东直雕像”。而且,古代的砖窑大多云集在东直门外,因此东直门不仅走拉木材车,还走拉砖瓦车。