12世纪中叶南宋将澎湖划归福建路晋江县(今福建晋江)管辖,并派兵戌守。
元朝在澎湖设澎湖巡检司,隶属福建泉州路同安县(今福建厦门),虽然没有直接将台湾岛并入其内,却是中国中央政府对台湾地区的首次官署设置。明朝初期仍设澎湖巡检司,直至1387年因实施海禁而废除,并把居民迁到漳州、泉州一带。1563年考量沿海治安等因素,复设澎湖巡检司。1684年(清康熙二十三年),清朝设置台厦道,台湾与厦门共署,设一府三县,置台湾为一府,称台湾府,府治设在今台南,下辖台湾县(今台南)、凤山县(今高雄左营)、诸罗县(今嘉义),隶属于福建省,道署设于厦门。1727年,台厦道分出台湾道,道署移至今台南,设一府四县二厅。