Simone
感谢邀请！我来回答一下吧，三代火影称为历代最强火影的设定是《火影忍者》中前期的设定，并不能放到整个剧情中来分析的，当时作者岸本齐史都没有考虑到后面的设定，导致三代火影的实力有些夸大了，但即便如此，三代火影的实力也是影级的。
再来看大蛇丸的实力，木叶村传说中的三忍之一，大蛇丸也达到了影级实力，而大蛇丸又是三代火影的徒弟，按照两个人全盛时期的战斗力，大蛇丸是不及三代火影的，但三代火影最终还是死在大蛇丸的手里，那么三代火影为什么会输呢？整体来说，我总结了三个方面。
剧情的需要首先最主要的原因是剧情的需要，大蛇丸是《火影忍者》中第一个BOSS，以三代火影的死为结束点，三代火影死后，木叶村火影的位置就空缺了，之后剧情的走向发展到寻找另外一位传说中三忍之一的纲手，如果三代火影没死或者大蛇丸没受到重伤，自来也不会去邀请纲手当火影，大蛇丸也不会去找纲手治疗双手，如此一来，只要少了其中一种，三忍便无法相见，后续的剧情也无法展开了。
年龄的问题 第二个原因是年龄的问题，当年大蛇丸攻击木叶村的时候，三代火影已经69岁了，即将进入古希之年，三代火影已经老了，身体各方面能力削弱了很多，对比三代火影的巅峰实力，三代火影的战斗力下滑严重，体力也大不如前。而大蛇丸的年龄只有50多点，这只是表面，由于大蛇丸会不尸转生，把精神转移到别人的身体中，藉此得到永生。大蛇丸转移的人都是非常年轻的，因此，大蛇丸转移后的年龄很年轻，身体非常有活力，三代火影秒杀不了大蛇丸，那么大蛇丸只需打持久战，打败年迈的三代火影只是时间问题，三代火影必败。
秽土转生的原因秽土转生是第三个原因，大蛇丸曾经说过，如果自己面对巅峰时期的三代火影，有可能直接被秒杀。在大战的时候，大蛇丸即便面对年迈的三代火影，心里还是比较畏惧的，从大蛇丸召唤出初代火影千手柱间和二代火影，还有一个被三代火影拦截成功的四代火影就可以看出，大蛇丸没有自信能够获胜，找了秽土转生的初代火影和二代火影协同作战，最终才勉强打败三代火影，如果大蛇丸没有使用秽土转生，我觉得当时大蛇丸单挑是打不过三代火影的。
三代火影输大蛇丸这件事，其实我是一点也不吃惊的……虽然大蛇丸是三代的徒弟，但是我觉得论实力的话，当时的大蛇丸绝对已经至少是与三代打平的程度，二人的差距已经不大了。
的确，在《火影》中，三代火影被称为教授，号称精通所有已知的忍术，这一点我并不质疑，毕竟能成为火影就证明了他的实力之强。但是要知道的是，人是会衰老的，三代再强，也是过去的事，这么多年过去，无论是体力还是查克拉的量都不可同日而语，他拿起金箍棒会觉得重就是证据。
与此同时，大蛇丸却通过研究和开发各种禁术，不仅真的获得了长生不死的能力，而且人正值壮年，可以说力量达到了最佳状态。就算和三代对拼应该也不会太差。
而且在大蛇丸对战三代时认真看的读者可以发现，其实大蛇丸并没有怎么出手，而是主要靠秽土转生的初代和二代火影与三代战斗，三代再强，面对两代前任火影觉得吃力也是正常的现象。
综上，忍术教授的三代输给大蛇丸真的不是实力不行，只能说英雄暮年，令人叹息。
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主要有以下几个因素，
第一，年纪原因，当时三代已经七十有余，各方面实力大不如从前，而大蛇丸正值壮年，刚刚换过身体，堪称实力颠峰
第二，三代的于心不忍，大蛇丸是三代最得意以及最心爱的弟子，当年三代就放过了大蛇丸，这次，三代也只是想制服他，而不是杀了他
第三，大蛇丸准备充分，秽土外挂大大增强整体战力，若没有秽土的话，就自身战力，大蛇丸仍不是老年三代的对手！
第一点，大蛇丸秽土转身出了初代火影和二代火影，虽然他们实力受到影响，但是两个人还是很强大的！三打一，三代目火影不死谁死！
第二点，三代火影年老力衰，包括他的通灵兽也老了，查克拉不够。二大蛇丸年富力强三代目火影不死谁死？！
三代火影败给了大蛇丸主要是因为年龄原因，都七八十的老爷子了，跟一个年龄差不多二三十的人打，我这里说的不是大蛇丸的年龄，而是大蛇丸不尸转生得来的年轻肉体。查克拉总量差距太大了。
四代死之后，大蛇丸因为研究禁术被村子里的人知道了，当时三代亲自去抓他，那个时候三代三代的通灵兽猿魔说过，要杀大蛇丸只有现在了，因为那会儿三代已经开始从壮年期转向暮年期了。水平只会变得越来越低。
而且，最后三代输给大蛇丸也不会完败，而是惜败，最后如果不是个人年龄太大，加上提前把是鬼封禁这个术的作用效果说出来，恐怕大蛇丸是反应不过来的，正是因为三代的正直把最后的胜利机会送给了大蛇丸。并且那场打斗，只要让大蛇丸不能继续进攻木叶村，就算是三代获得了胜利。
不过我更好奇的是，当时村子里的志村团藏以及自来也都没去帮助三代。自来也可能是去的晚了，不过作为志村团藏这个木叶高层来说，不该没有发现。
三代火影与大蛇丸谁输谁赢，站在不同的角度，会得到不同的答案，不妨阅读以下分析，找出你的答案。
三代火影初代和二代火影亲传弟子，培育出了威震忍界的“三忍”，精通五种查克拉属性，能使用数千种的忍术，将木叶所有术都研究的很透彻，享有“忍术教授”的称号。
是木叶在任时间最久的火影，开创了木叶隐村的全盛时期，被看做是历代火影中最强的。
大蛇丸是三代火影的徒弟，曾经一度被认为是火影继任者，和自来也纲手并称为“三忍”。
三代评价:“在那个战乱的时代，是个才华洋溢的少年，一个数十年才出一个的异才，希望能是继承我意志和力量的少年……”。
背景大蛇丸冒充风影和部下“音忍四人众”把三代捉到桔梗城楼之上，四人众结出“四紫炎阵”，将大蛇丸和三代目火影围起来，结界火焰令木叶暗部无法进入，三代亦难逃出。
条件分析策划很显然，大蛇丸的此次行动，是预谋已久，经过缜密计划，与志村团藏里应外合后的阴谋。杀死风影并且假冒，掳走三代，使用结界封闭空间，秽土转生初代、二代、四代火影，这些都是计划之中。
按照大蛇丸做事严谨周密的性格，及作为学生对老师的了解来看，事先肯定周密衡量过自身与三代的实力，否则不会轻易拿命来拼。
年龄三代69岁，大蛇丸50岁出头，在体力大不如前。使用尸鬼封尽封印初代和二代火影后，三代体力明显不够。
大蛇丸也说三代若再年轻十岁，倒是可以杀死自己。
感情大蛇丸在对战前流出眼泪（具体流出眼泪是因为什么很难说）。
三代是不忍心杀人的人，况且是自己曾经最得意的学生，一度因为想起童年的大蛇丸而流泪。
大蛇丸在父母活着时是一个善良的孩子，只是在父母死后变的奇怪，而三代对其十分器重，连自来也都嫉妒。
大意三代的大意是，大蛇丸秽土转生出初代和二代后，三代并不以为然，直到初代使出秘术后，才觉糟糕，事态不妙。
大蛇丸的大意是，三代“忍术教授”的称号不是白叫的，在三代使出尸鬼封尽时，大蛇丸居然不认识。
观点三代输掉了身体，赢得了比自己生命还重要的和平安宁，传承了火之意志；
大蛇丸输掉了策划已久的阴谋，输掉了双手。
在三代心里已有了为村子赴死的觉悟，早在年轻时便是如此。三代是拥有火之意志的人，为村子而死是火之意志传承下去的最好方式，也必将会有人继承这份意志，所以最终也是带着微笑而死。
两种说法，一种是三代火影输了，一种是三代火影赢了。忍者的世界里，有人信奉忍术，有人热衷体术，有人擅长幻术，大蛇丸厉害了，他相信科学！
个人战役:
如果从个人战役来说的话，三代火影输了，但也并不完全对。在早期的设定中，三代火影猿飞日斩是设定为历代最强火影，精通五系忍术，实力很强大的。
当然，早期设定强大并不只三代火影，传说中的三忍也是boss级别角色。曾经鬼鲛和宇智波鼬潜入木叶村，遇到自来也，说三忍是超越宇智波一族和雾忍七人众的存在的。
宇智波鼬说对上三忍之一，两人都会被干掉。也就是说，早期的设定里，大蛇丸和三代火影都是巅峰忍者，也正因此，那时候给了火影迷不少的误导，大蛇丸就是最后的boss。
三代火影打的是三个影级忍者。大蛇丸的秽土转生可是召唤出两个独立的个体的，它不像影分身那样需要将查克拉平分，是完完整整的三个影啊！三代火影最终反杀两个外加大蛇丸一对手，堪称巅峰战绩了。总不能你说三个人打我，我反杀了两个半你还要说我输吧。
公式书上对于两人的数值进行公布过，三代火影仅仅在力、速、精三项数值输给了大蛇丸，也就是说，三代火影并不一定是输给了大蛇丸，他只是输给了岁月。
政治博弈:
另一方面来说，是三代火影赢了。大蛇丸的毁灭木叶村计划本身就是一场野心派高层和三代火影的一场博弈。大蛇丸与志村团藏携手，搞掉猿飞日斩这些保守派，然后再以木叶村发起大战，用大力气统一忍界，这都是为了用另一种方式增强木叶实力。当然，大蛇丸没能将计划实施到底，三代火影保护好了木叶村，所以是猿飞赢了。
(我，次元酱，赞)
