Simone
系统树可以是有根的，也可以是无根的。在有根树中，存在一个被称为根的特殊节点，由此导向任何别的节点都只有唯一有根系统树和无根系统树。箭头指示从根到OTUD的唯一途径。每一途径中的方向与进化时间相对应，而根则是所有正被研究的OTU的共同祖先。无根树是一种只将OUT间的关系具体化而未定义进化途径的树。对三个物种来说，存在着三种可能的有根树，但只有一个无根树。从三种OYU可能会构建出三种不同的有根树，但却只有一种无根树。对n个OTU而言，两分叉有根树的数目(NR)由NR=(2n-3)!/{[2^(2-n)](n-2)!}(n≥2)，对n≥3，两分叉无根树的数目为(NU)=(2n-5)!/{[2^(n-2)](n-2)!}。n个OTU的可能无根树数等于(n-1)个OTU的可能有根树数。OTU从2到10的可能有根树和无根树的数目如下表：随着n的增加NU和NR和都极快地增大，而到10OTU时已经有200多万两分叉无根树和将近3500万有根树了。由于这些树种只有一种能正确表示这些OTU间真是的进化关系，所有，当n较大时，推论出真实的系统树比较困难。
