1936年,吴其轺入黄埔军校,同年转到杭州笕桥空军军官学校,毕业后即投身于抗日战争。1943年,他转入陈纳德组建的中美混合联队14航空队的5大队飞行,成为“飞虎队”中的一员。1941年毕业后,他被编入中国空军第5大队,驻守芷江机场,军衔上尉。
吴其轺在中国空军中美混合联队中累计飞行了800多小时,他驾驶的战斗机总共被日军击落过三次。其中第一次被击落时也带给他飞行员生涯唯一一次重伤。
第二次世界大战胜利之后,吴其轺获得盟军总部授予的“飞行优异十字勋章”,另外还获颁“航空奖章”和“单位集体荣誉勋章”。其中附带了一封中英文介绍信:
“基于他卓越的贡献和高超的飞行技术,特此授予吴其轺上尉飞行优异十字勋章和航空奖章,通过他的杰出成就,吴其轺上尉为他自己和著名的飞虎队带来了极大的荣誉。”
因军功卓著,国民政府晋升他为空军中校。