第1集:旅行开始从双叶镇到真沙镇(小光登场)(小光得到圆企鹅并看到艾姆利多)
第2集:寻找皮卡丘!202号道路!(小次郎得到捕虫草)(小智收服胖胖翁)(小刚归队)(强敌真司露面)
第3集:对战劲敌三对三!(小光加入)(真司的胖胖翁被放生)
第4集:圆企鹅对战蔷薇花苞小光的初次对战!
第5集:收服草苗龟(小智收服草苗龟)
第6集:迷惑之森与真司的再度相遇(真司收服到惊角鹿和圈圈熊,惊角鹿被放生)
第7集:圆企鹅加油!
第8集:谜之道馆的古力蛙!(小刚收服古力蛙)
第9集:和卷耳兔一起玩(小光收服卷耳兔)
第10集:神奇宝贝手表入手困难(小光得到神奇宝贝表)
第11集:小光!华丽大赛初登场(小望登场)
第12集:华丽大赛战斗!劲敌对决!(小光挑战祝庆华丽大赛落败)
第13集:胖胖翁加油!(小刚的爱哭树学会模仿)(小智的胖胖翁进化成大胖翁)
第14集:一切交给小刚吧!(小刚的爱哭树进化成胡说树)
第15集:黑铁道馆!平田对战真司!
第16集:头盖龙VS皮卡丘!(小智挑战黑铁道馆落败)
第17集:古代小精灵大进击!
第18集:再战黑铁道馆!决战头盖龙(小智得到煤炭徽章)
第19集:收服电栗鼠没问题?(小光收服电栗鼠)
第20集:神奇宝贝猎人J!(神奇宝贝猎人J登场)
第21集:最强的鲤鱼王与最美的笨笨鱼!
第22集:电栗鼠VS长尾怪手!
第23集:爆走大钢蛇守护龅牙狸之村!
第24集:小智对抗皮卡丘!?
第25集:怪杰万花蔷薇与花传说!
第26集:小精灵华丽大赛,索诺大会!(圆企鹅学会漩涡)(健悟登场)
第27集:决战,圆企鹅对王子企鹅!(小光得到苑子缎带勋章)
第28集:鬼飘飘与北风的使者!
第29集:小智与小光双人合作赛没问题!?
第30集:百代森林蓑叶虫进化作战!
第31集:草苗龟对草苗龟!速度对决!
第32集:琥珀之城的女皇蜂!
第33集:神奇宝贝变装大会(小刚赢得比赛,得到粉红蛋的蛋)
第34集:叉尾浮鼬!通向最强的道路(小光收服叉尾浮鼬)
第35集:四大天王五洋与钢图滕!(新奥的四大天王五洋登场)
第36集:神奥时空传说!)
第37集:百代道馆!对战菜子!(小智得到三叶徽章)
第38集:高速自行车道上的伟大诞生!!(小刚的蛋孵化成粉红蛋)
第39集:皮卡丘来看家?
第40集:『冠军』希罗娜登场!
第41集:小光和小望与双人合作赛!
第42集:落雷兽训练中心!
第43集:巫妖!从恶梦中逃脱!!
第44集:帮助迷路的沼泽河马!
第45集:猎人J再次登场!守护盾甲龙(小茂登场)
第46集:迷路曳行!全员紧绷!
第47集:美留与凯西与水之底!
第48集:小智与小光!迎向新的冒险!!【总集篇】
第49集:小精灵华丽大赛!绿缘大会!!(小光挑战绿缘大会落选)
第50集:全员参加!联协对战!!
第51集:小火猴VS猫鼬斩!命运的对决!!(真司舍弃小火焰猴)(小智邀请小火焰猴加入队伍)
第52集:双人合作赛!决胜战!!(小智收服小火焰猴)(真司的电击怪进化成电击兽)
第53集:小火猴之泪!
第54集:菜子与沙漠奈亚!再见是为了谁!(小次郎的沙漠奈亚离队)
第55集:长尾怪手与叉尾浮鼬!各自的道路!!(小光的叉尾浮鼬和小智的长尾怪手交换)
第56集:御灵石的楔石!
第57集:呆水狸心知肚明!
第58集:大朝北鼻!热血之魂!
第59集:射瞳狮之眼!
第60集:随镇遗迹的未知图腾!(小光的长尾怪手进化成双尾怪手)
第61集:神奇宝贝丽大赛!随镇大会!!(武藏得到随意缎带勋章)(小光落选)
第62集:女仆咖啡店的大奶罐!(小刚的粉红蛋学会神秘力量)
第63集:小山猪三重奏对抗温泉烟雾!
第64集:滑翔天蝎与天蝎(小智收服天蝎,草苗龟学会能量球)(真司收服滑翔天蝎)
第65集:电栗鼠在沙河马嘴里!?
第66集:路卡利欧愤怒的波导弹
第67集:小光初次挑战道馆战!(小光挑战格斗道馆落败)(小智的大胖翁学会英勇之鸟)
第68集:户张道馆!路卡利欧VS叉尾浮鼬!!(小智的叉尾浮鼬学会水波动)(小智得到格斗徽章)
第69集:华丽的装束!其名为银河团!!
第70集:身为美丽的铃铃铛!
第71集:神奇宝贝护林员!波导的利欧路!(前篇)
第72集:神奇宝贝护林员!波导的利欧路!(后篇)
第73集:再见了毒粉蝶!(武藏的毒粉蝶放生)
第74集:皮卡丘!雷丘!通向进化的道路!!
第75集:华丽大赛尊者·米可利登场!!(小遥露面)
第76集:七星级餐厅!以联协战斗享受豪华宴席!!(小遥暂时归队)
第77集:强敌云集!米可利杯!!
第78集:激斗!各自的劲敌!!(小智看到亚克诺姆)
第79集:决战!小光对小遥!!(小遥离队)(小光得到水之缎带勋章)
第80集:阳阳玛!收服作战!!(武藏收服阳阳玛,阳阳玛学会原始之力并进化成梅卡阳玛)
第81集:灼热的小火猴!
第82集:野濑大湿原的古力蛙庆典!?
第83集:野濑会馆!VSMaximum假面!!(小智得到波纹徽章)
第84集:里山先生家的大食客小山猪!(小光收服小山猪)
第85集:天蝎!友情之翼!!(小智的天蝎进化成滑翔天蝎)(再次遇见小茂)
第86集:绿缘时装系列发布会!通往小精灵造型师之路!!
第87集:拦路的可达鸭!
第88集:宠物小精灵夏日学校课程!(进入训练学校)(小葵首次登场)
第89集:研究报告!湖的传说!
第90集:放学后是幽灵时间!?
第91集:最后的大胜负!宠物小精灵铁人三项!!(离开训练学校)
第92集:回归原点的火箭队!?
第93集:跳的拳击练习场领导人!梅丽莎登场!
第94集:电栗鼠发烧了!两人来看护!?
第95集:神奇宝贝华丽大赛-神巫大会!(小光得到神巫缎带勋章)
第96集:银河团的袭击!!(前篇)
第97集:银河团的袭击!!(后篇)
第98集:漂浮的未知怪物!?(小葵再次登场)
第99集:四天王阿柳!相会与离别之森!(新奥的四大天王阿柳登场)
第100集:草苗龟、树林龟…然后是玄武龟!(小智的草苗龟进化为树林龟)
第101集:劲敌训练家·小纯登场!!(小纯登场)
第102集:绿缘道馆战!对抗梅丽莎!!(小智得到茵缘徽章,武藏得到河原缎带勋章)
第103集:混战混乱水脉市!
第104集:克雷色利亚神对抗达库莱!(小光的小山猪进化为长毛猪)
第105集:羊羹与洛托姆!
第106集:与神奇宝贝友好相处之道!?(小智的滑翔天蝎学会火之牙)(小光的长毛猪进化象牙猪并学会原始之力)
第107集:暴槌龙对抗钢甲龙!!
第108集:水脉道馆战!钢铁的对战!!(小智得到钢铁徽章)
第109集:迷路的小吼吼鲸!
第110集:阿玄与路卡利奥!
第111集:钢铁岛的遗迹!
第112集:皮卡丘与圆企鹅漂流记!
第113集:恶作剧的菲奥娜
第114集:神奇宝贝华丽大赛通草大会!!(电栗鼠学会愤怒门牙)(小光得到通草缎带勋章)
第115集:野蛮的君莎与搭档音符鹦鹉!
第116集:暴风雪中的雪魔女!
第117集:火箭队解散!?
第118集:神奇圆环!天空大决战!!(小智的大胖翁进化成惊目翁并学会近身拳)
第119集:激烈冲突!象牙猪对抗波士科多拉!
第120集:特别篇:不可思议的生物神奇宝贝!
第121集:寂寞的雪笠怪!!(树林龟学会岩石攀登)
第122集:进化!这次是圆企鹅!?
第123集:神奇宝贝华丽大赛立浪大会!!(小光挑战立浪大会落败)
第124集:神奇宝贝乒乓球大会!加油,双尾怪手!!(双尾怪手离队)
第125集:樱花种子!坚强之战!?
第126集:训练家培育学园的铃奈老师!
第127集:切锋道馆!冰之对战!!(小智得到冰之徽章)
第128集:对战金字塔!真司对抗神代!
第129集:复活的雷吉奇卡斯!J再度登场!
第130集:电龙列车!“好看”登场!!(小刚的胡说树学会重臂槌)
第131集:全员对战!真司VS小智!!-前篇-
第132集:全员对战!真司VS小智!!-后篇-(小智的小火猴进化成猛火猴并学会音速拳)
第133集:由克希之影!(小刚看到由克希)
第134集:森林之王!古藤蔓!!(小光的象牙猪学会觉醒力量)
第135集:全员参战!神奇宝贝齐心协力!!
第136集:时间和空间!银河团的野心!
第137集:玛力露·圆企鹅·电击怪!
第138集:小光vs妈妈!母女对抗!!
第139集:救出大木博士!牛蛙君对抗古力蛙!!
第140集:天然雀,天然鸟…不可思议的森林!
第141集:对战塔大君!那位男子叫山棕!!
第142集:史上最坏的波克比!
第143集:成都之节!菊草叶与小锯鳄登场(小光得到蛋并孵出火球鼠)(琴音和成暂时加入)
第144集:迷宫攻略!?谷间发电所
第145集:圆陆鲨…收服到了!(和成收服圆陆鲨)
第146集:神奇宝贝华丽大赛!睡莲大会!(小次郎代替武藏参赛,武藏得到睡莲缎带勋章)(小光不幸落败)
第147集:小智与小光!双打对战!!(和也的小锯鳄进化成蓝鳄,蓝鳄学会水炮)(琴音,和成离队)
第148集:梦妖与黑暗鸦与暗之石!
第149集:皮卡丘和圆企鹅分开了?
第150集:红的锁链!银河团起动!!
第151集:亚克诺姆·由克希·艾姆利多!(神奇宝贝猎人J被卷入漩涡生死不明)
第152集:迪亚路加与帕鲁奇亚,最后的战斗!(银河团老大赤木进入新世界,三干部被捕)
第153集:危险满满!小次朗的宝箱!
第154集:空中对战大师登场!滑翔天蝎对抗巨钳螳螂!(滑翔天蝎学会亿万冲击波,并离队)
第155集:双人对战,象牙猪与火球鼠!
第156集:圆陆鲨与【龙星群】!
第157集:收服到圆陆鲨了!!(小智收服圆陆鲨)
第158集:爆走!自爆磁怪VS巨金怪!!
第159集:急冻拳!叉尾浮鼬对抗吸盘魔偶!!(小智的叉尾浮鼬学会急冻拳)
第160集:燃烧吧卡比兽!神奇全能的王者!!
第161集:神奇宝贝华丽大赛!朝月大会!!
连载中
【预告】
第162集:双打比赛!VS正电拍拍・负电拍拍!!(2010年2月4日发布)
第163集:爆进化!烈焰猴!!(小智的猛火猴进化成烈焰猴)(2010年2月11日发布)
第164集:圆企鹅走散了!(2010年2月18日发布)
第165集:四大天王之奥巴与电系道馆馆主电磁(2010年2月25日发布)